ТАРКР "Адмирал Лазарев" проекта 1144 «Орлан». С середины 90-х годов выведен в резерв. Проходит долговременный ремонт. Теплится надежда на его модернизацию после Нахимова и Петровича. Входит в состав Краснознаменного Тихоокеанского флота
ТАРКР "Адмирал Нахимов" проекта 1144.2 «Орлан». С июня 2013 года проходит ремонт с глубокой модернизацией. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
ТАРКР "Адмирал Ушаков" проекта 1144 «Орлан». Скорее всего, уйдет на утилизацию. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
РКР "Маршал Устинов" проекта 1164 «Атлант». С июля 2011 года проходит ремонт с частичной модернизацией. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
ЭМ "Безбоязненный" проекта 956 «Сарыч». С 2003 года находится на длительном ремонте. Входит в состав Краснознаменного Тихоокеанского флота
ЭМ "Бурный" проекта 956 «Сарыч». С 2005 года проходит длительный ремонт. Входит в состав Краснознаменного Тихоокеанского флота
ЭМ "Беспокойный" проекта 956 «Сарыч». С середины 2000-х годов находится в резерве. Входит в состав Дважды Краснознаменного Балтийского флота
БПК "Адмирал Харламов" проекта 1155 «Фрегат». С 2004 года выведен в резерв 2 категории. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
БПК «Керчь» проекта 1134Б «Беркут-Б». На ремонте с июня 2014 г. После пожара рассматривается вопрос об утилизации корабля. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
СКР «Пытливый» проекта 1135М «Буревестник». На ремонте. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
СКР «Неустрашимый» проекта 11540 «Ястреб». На 24.1.2014 находится на доковом ремонте. Входит в состав Дважды Краснознаменного Балтийского флота
СКР «Сметливый» проекта 01090. На ремонте с октября 2014 г. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
БДК "Орск" проекта 1171. С 2004 года находится в резерве. В 2014 году начал проходить длительный ремонт. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
БДК «Цезарь Куников» проекта 775/II. На ремонте и модернизации с июля 2013 года. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
БДК «Константин Ольшанский» проекта 775/II. Захвачен у Украины. Находится в резерве. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
Средний разведывательный корабль "Таврия" проекта 865. Выведен в резерв. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
РКА "Ступинец" проекта 12411Т. С 2008 года находится на длительном ремонте. Входит в состав Краснознаменной Каспийской флотилии
МПК "Владимирец" проекта 1145.1. В начале 2000-х годов выведен в резерв. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
МПК «Ейск» проекта 1124М «Альбатрос». На ремонте. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
МПК «Алексин» проекта 1331М. На ремонте.
Вокруг корабля разразился коррупционный скандал — в 2010 г. на корабле "прошли" по бумагам ремонтные работы, было похищено 2,3 млн. рублей. Виновник хищений, временный командир корабля, арестован. Корабль входит в состав Дважды Краснознаменного Балтийского флота
Средний разведывательный корабль "Карелия" проекта 865. Выведен в резерв. Проходит ремонт. Входит в состав Краснознаменного Тихоокеанского флота
Обитаемые спасательные глубоководные аппараты АС-26 и АС-36 проекта 1855 «Приз». На ремонте. Входит в состав Дважды Краснознаменного Балтийского флота
БТЩ "Лейтенант Ильин" проекта 1265. С 2009 года находится в резерве. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
ТРПКСН "Архангельск" проекта 941. С 2005 года выведен в резерв. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
ТРПКСН "Северсталь" проекта 941. С 2005 года выведен в резерв. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
ТРПКСН «Екатеринбург» проекта 667БДРМ «Дельфин». Заканчивает ремонт. Готовится к испытаниям. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
ТРПКСН К-44 «Рязань» проекта 667БДР «Кальмар». На ремонте и модернизации с 2011 года. Входит в состав Краснознаменного Тихоокеанского флота
ПЛАТ Б-239 «Карп» проекта 945 «Барракуда». На длительном ремонте. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
АПЛ СН "Подмосковье" проекта 09787. С 1999 года проходит модернизацию. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
АПКР "Челябинск" проекта 949А. С 2010 года выведен в резерв. Входит в состав Краснознаменного Тихоокеанского флота
АПКР "Иркутск" проекта 949А. С 2013 проходит ремонт и модернизацию. Входит в состав Краснознаменного Тихоокеанского флота
Краснознаменная АПЛ "Леопард" проекта 971. С июня 2011 года находится на ремонте и модернизации. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
АПЛ "Кашалот" проекта 971. С 2003 года проходит ремонт с модернизацией на АССЗ. Входит в состав Краснознаменного Тихоокеанского флота
АПЛ "Карп" проекта 945. С 2013 года проходит ремонт и модернизацию. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
ДЭПЛ "Святитель Николай Чудотворец" проекта 877. Выведена в резерв. Входит в состав Краснознаменного Тихоокеанского флота
ДЭПЛ "Вологда" проекта 877. Находится на длительном ремонте. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
ДЭПЛ "Б-187" проекта 877. С 2003 года находится на ремонте и модернизации на АССЗ. Входит в состав Краснознаменного Тихоокеанского флота
ДЭПЛ "Владикавказ" проекта 877. С 2011 года находится на ремонте и модернизации. Входит в состав Краснознаменного Северного флота
ДЭПЛ "Алроса" проекта 877. С 2014 года находится на ремонте и модернизации. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
ДЭПЛ "Б-380" проекта 641Б. С 2000 года находится на ремонте. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
Морской транспорт вооружений "Генерал Рябиков" проекта 323В. С 2011 года выведен в резерв. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
Госпитальное судно "Енисей" проекта 320. С середины 90-х годов выведен в резерв. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
Судно размагничивания"СР-137" проекта 130. В середине 2000-х годов выведено в резерв. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
Гидрографическое судно "Створ" проекта 862. В начале 2000-х годов выведено в резерв. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
Судно размагничивания"СР-939" проекта 130. В середине 2000-х годов выведено в резерв. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
Судно размагничивания"СР-26" проекта 17994. В начале 2000-х годов выведено в резерв. Входит в состав Краснознаменного Черноморского флота
А также на ремонте разной степени: ПЛАТ Б-138 «Обнинск», Б-448 «Тамбов» проекта 671РТМК «Щука», ПЛАТ К-461 «Волк», К-157 «Вепрь», К-419 «Кузбасс», К-295 «Самара» проекта 971 «Щука-Б», ПЛАРК К-266 «Орёл», К-150 «Томск» проекта 949А «Антей», АПЛСН АС-23, АС-13, АС-15.